Chùa Côn Sơn tên chữ là “Côn Sơn Thiên Tư Phúc Tự” (chùa Hun), khởi dựng thế kỷ X, thế kỷ XIII (thời Trần), trở thành trung tâm của Phật giáo Trúc Lâm. Năm 1330, Đệ Tam Thánh Tổ Huyền Quang mở rộng chùa, bình đồ kiến trúc nội công ngoại quốc, các công trình xây dựng từ hồ Bán Nguyệt lên đỉnh núi Côn Sơn, trong đó có tòa Cửu Phẩm liên hoa. Ngọc phả chùa ghi: “Ở Côn Sơn Thánh Tổ Huyền Quang lập ra Cửu Phẩm Liên Hoa, giảng các phẩm kinh để truyền cho hậu thế… ”.
Sang thời Lê (thế kỷ XVII), Thánh Tổ Mai Trí Bản hiệu là Huệ Pháp, tự Pháp Nhẫn đã tiếp tục cho tôn tạo Cửu Phẩm Liên Hoa. Năm 1721, Thánh Tổ Hải Ấn tu bổ tòa Cửu Phẩm Liên Hoa và Đăng Minh Bảo Tháp. Thế kỷ XIX, thực dân Pháp xâm lược nước ta, tòa Cửu Phẩm Liên Hoa và các công trình khác của chùa Côn Sơn bị tàn phá trong giai đoạn này.
Năm 2012 và năm 2014, Viện Khảo cổ học và Ban QLDT Côn Sơn – Kiếp Bạc khai quật sau Thượng điện chùa Côn Sơn diện tích 471m2, đã phát lộ 2 lớp nền móng kiến trúc của tòa Cửu Phẩm Liên Hoa thời Trần (thế kỷ XIV) và thời Lê (thế kỷ XVII).
Dấu tích kiến trúc tòa Cửu Phẩm thời Lê (thế kỷ XVII) ở địa tầng cách mặt đất 0,6m. Mặt bằng kiến trúc nhà Phẩm dài 16,2m, rộng 7m; diện tích 113,4m2, gồm 3 gian 2 chái. Nền móng kiến trúc được xây kè bằng đá cuội. Nền nhà Phẩm đầm kỹ bằng cát trắng. Gian trung tâm còn dấu tích các trụ móng khá hoàn chỉnh gồm: 1 trụ móng chính giữa của cây Cửu Phẩm được đầm nèn bằng sỏi và cát; 4 trụ chân tảng đỡ cột của nhà Phẩm phân đều ở bốn góc (4m x 4m).
Qua địa tầng văn hóa thời Lê, đến tầng văn hóa thời Trần (thế kỷ XIV) cách mặt đất 1m. Dấu tích kiến trúc gồm 5 trụ móng, 1 trụ chính giữa và 4 trụ phân bố cân xứng (3,9m x 3,9m). Các móng trụ được đầm nèn chặt bằng sỏi hạt nhỏ, chôn sâu xuống lớp cát nguyên thuỷ màu vàng nhạt. Hai lớp kiến trúc trên nằm chồng lên nhau cùng trục tim của chùa. Lớp kiến trúc thời Lê lui về phía sau chùa so với lớp kiến trúc thời Trần 1m.
Phía sau nền móng tòa Cửu Phẩm Liên Hoa là nền móng của 2 công trình Tổ đường và Hậu đường. Ngoài ra còn phát hiện nhiều hiện vật như ngói mũi hài kép, gạch Bát Tràng, ngói mũi hài tráng men, mảnh gốm hoa nâu, mảnh tháp đất nung thời Trần và nhiều hiện vật gốm sứ thời Trần, thời Lê…Đây là tư liệu khoa học quan trọng, phục vụ thiết thực cho việc tôn tạo lại tòa Cửu Phẩm liên hoa chùa Côn Sơn. Năm 2014, UBND tỉnh Hải Dương ra quyết định phê duyệt Dự án đầu tư tu bổ tòa Cửu Phẩm Liên Hoa chùa Côn Sơn. Sau thời gian thi công, công trình được khánh thành vào ngày 16 tháng giêng năm 2017.
Ban Quản lý di tích Côn Sơn – Kiếp Bạc.