Theo thuyết phong thuỷ, Giếng Ngọc là huyệt mạch có ý nghĩa quan trọng về tâm linh của khu di tích Côn Sơn. Đây là tụ mạch của nước nguồn từ núi Kỳ Lân.
Truyền thuyết kể rằng: Đầu thế kỷ XIII, trụ trì chùa Côn Sơn là Huyền Quang tôn giả – vị tổ thứ 3 của thiền phái Trúc Lâm thời Trần. Sau khi xây dựng chùa Côn Sơn với nhiều công trình kiến trúc quy mô, hoành tráng và hàng trăm pho tượng Phật nguy nga lộng lẫy… Nhưng sư tổ vẫn trăn trở vì chùa còn thiếu nguồn nước thanh tịnh cho việc cúng lễ và mộc dục tượng pháp. Một đêm rằm tháng 7, Tổ Huyền Quang mơ thấy một tiên ông râu tóc bạc phơ, tay chống gậy trúc, tự xưng là “Chủ thần long mạch núi Côn Sơn”. Tiên Ông dẫn Sư Tổ về sau chùa, chỉ cho viên ngọc sáng lấp lánh dưới lùm cây. Tổ Huyền Quang định với tay nhặt viên ngọc thì tiếng chuông chùa vang lên làm Ông tỉnh giấc. Trời sáng, nhà sư kể lại giấc mơ lạ cho các tăng ni nghe rồi cùng lên núi xem chỗ có viên ngọc. Khi phát quang bụi rậm thấy hiện ra mạch nước trong vắt. Nếm thử thấy nước ngọt, mát, ngưới khoan khoái lạ thường. Tổ Huyền Quang cho khơi sâu, mở rộng, dùng đá kè thành giếng và đặt tên là Giếng Ngọc.
Hơn 700 năm qua, nước Giếng Ngọc vẫn tràn đầy, xanh trong nhìn thấu đáy. Nước Giếng Ngọc được dùng làm lễ mộc dục, sái tịnh phục vụ các lễ tiết của chùa và phục vụ khách hành hương về chiêm bái, xin nước Giếng Ngọc để được tẩy bụi trần, cầu mong sức khoẻ, sự an lành.
Ban Quản lý di tích Côn Sơn – Kiếp Bạc.