Dưới chân tháp tổ Huyền Quang là Giếng Ngọc, nước trong vắt mát lạnh. Người xưa cho rằng, Giếng Ngọc là huyệt mạch của núi Côn Sơn và là mắt của con Kỳ Lân. Tương truyền, đêm rằm tháng bảy, sư tổ Huyền Quang mơ thấy vị thần dẫn đi về phía sau chùa chỉ cho viên ngọc sáng lấp lánh dưới chân núi.
Dưới chân tháp tổ Huyền Quang là Giếng Ngọc, nước trong vắt mát lạnh. Người xưa cho rằng, Giếng Ngọc là huyệt mạch của núi Côn Sơn và là mắt của con Kỳ Lân. Tương truyền, đêm rằm tháng bảy, sư tổ Huyền Quang mơ thấy vị thần dẫn đi về phía sau chùa chỉ cho viên ngọc sáng lấp lánh dưới chân núi.
Khi nhà sư cúi xuống xem thì chuông chùa vang lên làm Ngài tỉnh giấc. Ngẫm lại giấc mơ, thiền sư cùng sư tăng lên xem, khi phát quang bụi rậm thấy hiện ra dòng nước. Nhà sư uống thử thấy nước mát ngọt bèn cho khơi sâu, kè đá thành giếng. Nước giếng bốn mùa đầy, xanh trong nhìn thấu đáy. Sư tổ Huyền Quang đặt tên là Giếng Ngọc. Nước Giếng Ngọc được dùng làm nước cúng và làm lễ mộc dục (tắm tượng) tại chùa Côn Sơn. Dân gian truyền rằng nước Giếng Ngọc thanh trong tẩy sạch bụi trần, ban phúc lành cho mọi chúng sinh. Bởi vậy, du khách khi đến Côn Sơn đều không quên lên thăm Giếng Ngọc, lấy nước để uống cho vơi đi mọi nỗi phiền muộn và hy vọng dòng nước sẽ mang đến cho bản thân sức khoẻ dồi dào. Năm 1995, Giếng Ngọc được tôn tạo lại, thành giếng kè đá hộc, hai bên đắp sư tử nằm phủ phục canh giữ “viên ngọc quý, mãi long lanh toả khí thiêng bao trùm trời đất.