Huyền Quang tên thật là Lý Đạo Tái, quê ở xã Vạn Ty, huyện Gia Định thuộc lộ Bắc Giang, nay thuộc Gia Bình, Bắc Ninh. Ngài sinh ngày mùng 1 tháng Giêng năm Giáp Dần (1254). Khi sinh, thấy ánh sáng lạ kỳ, hương thơm ngào ngạt. Ngài nằm trong bào thai 12 tháng mà bụng mẹ không chuyển động. Bà mẹ ngờ là có bệnh, nên uống thuốc phá thai nhưng vẫn không phá được, nên lúc sinh đặt tên là “Kiên Cương Nam”. Lớn lên tướng mạo khác thường, cha mẹ rất yêu quý, học một biết mười, có tài của bậc á thánh Nhan Tử, cha mẹ đặt tên cho là Đạo Tái. Năm Bảo Phù thứ 2 (1274), đời vua Trần Thánh Tông, Đạo Tái đỗ Trạng nguyên. Lúc trẻ, Ngài đã đính ước nhưng chưa cưới xin. Khi đỗ trạng, Ngài được vua ban gả Liễu Nữ công chúa là cháu vua, nhưng Ngài không nhận. Về sự kiện này còn có một dị bản khác: Gia đình Ngài rất nghèo, lúc chưa đỗ, trong làng không ai muốn gả con gái cho ngài. Đến khi đỗ trạng, mọi người tranh nhau gọi gả con gái. Vì thế mới có thơ rằng:
Lúc nghèo thì chẳng ai nhìn,
Đến khi đỗ trạng tám nghìn nhân duyên.
Khi làm quan, Ngài được làm việc ở viện Hàn Lâm, phụng mệnh đi tiếp sứ Bắc, hai bên văn thư qua lại, Ngài viện dẫn kinh nghĩa, ứng đối lưu loát, ngôn từ hơn hẳn thượng quốc và các nước xung quanh.
Năm Hưng Long thứ 12 (1305), Đạo Tái theo vua đến chùa Vĩnh Nghiêm, huyện Phượng Nhãn, nghe nhà sư Pháp Loa thuyết pháp, Ngài liền giác ngộ tiền duyên rồi xúc động mà than rằng: “Làm quan là lên được Bồng Đảo, đắc đạo là đến được Phổ Đà. Đó là cảnh tiên nơi trần thế, cõi Phật chốn Tây Thiên vậy, phú quý vinh hoa cũng như chiếc lá đỏ mùa thu, đám mây trắng mùa hạ, có gì đáng để luyến tiếc đâu”. Vì vậy, ngài nhiều lần dâng biểu từ chức để xuất gia. Ý nguyện của Ngài được nhà vua phê chuẩn. Ngài thụ giáo quốc sư Pháp Loa và được đặt pháp hiệu là Huyền Quang (ánh sáng kỳ diệu).
Sau khi xuất gia, Ngài được cùng với hai vị tổ đi du ngoạn khắp các danh lam thắng cảnh trong nước. Ngài còn được nhà vua ban cho toà giảng pháp bằng trầm hương để giảng kinh cho học trò, lại ban sắc chỉ truyền cho thiền sư biên soạn Chư phẩm kinh và khảo văn… Những sách ngài Huyền Quang biên soạn thì không thể thêm một chữ và bớt đi một chữ.
Đối với quê hương, gia đình, Ngài hết lòng hiếu nghĩa. Ở quê hương, Ngài cho xây chùa Đại Bi (lấy nghĩa là đại bi của Quan Thế Âm Bồ Tát) để phổ độ chúng sinh. Khi khánh thành, người về dự đến hành vạn người, hội mở suốt 7 ngày 7 đêm. Người công đức tiền, vàng, bạc nhiều vô kể. Ngài lấy tiền dư thừa làm công đức cho các tăng ni ở đạo tràng và những người nghèo khổ, đồng thời mở tiệc nhỏ thiết đãi họ hàng, làng xóm, rồi phát tiền, chia lụa cho mọi người.
Năm Quý Sửu (1313), sư đã 60 tuổi, Ngài vẫn tu ở chùa Vân Yên. Tuy mới tu được 9 năm, nhưng đạo hạnh nhà sư rất cao siêu. Một hôm, nhà vua bảo với thị thần rằng: Người ta sống trong trời đất, nhờ vào âm vào dương, thích ăn ngon, mặc đẹp, vì có lòng ham muốn ấy mà phải tu đạo…Còn Huyền Quang lão tăng sao sinh ra đã sắc sắc không không, như nước không gợn sóng, gương không phủ bụi trần. Như vậy là gạt bỏ ham muốn hay không có ham muốn. Lưỡng quốc Trạng nguyên Mạc Đĩnh Chi nói rằng: Hoạ hổ hoạ hình, nan hoạ cốt, tri nhân tri diện bất tri tâm (vẽ hổ, vẽ hình khó vẽ xương; biết người, biết mặt, khó biết lòng). Nhà vua nghe vậy, bí mật chọn một cung nữ xinh đẹp, thông minh tên là Điểm Bích (yểu điệu như Triệu Phi Yến, khôn khéo ngang với Điêu Thuyền) đến chùa Vân Yên để thử Huyền Quang.
Sau một thời gian lên Yên Tử, Điểm Bích vào kinh tâu với nhà vua: Một đêm, thiếp đứng ngoài tăng phòng, thì nghe quốc sư đọc bài kệ nôm :
Vằng vặc trăng mai ánh nước,
Hiu hiu gió trúc ngâm sênh.
Người hoà tươi tốt, cảnh hoà lạ.
Mâu Thích Ca nào thú hữu tình.
Sau đó, quốc sư giữ thiếp lại một đêm và ban cho thiếp một dật vàng (24 lượng). Nghe xong, nhà vua rất buồn và nói: “Nếu việc này có thực thì ta là người chăng lưới bẫy chim, nếu không có thực, thì quốc sư cũng khó tránh khỏi qua ruộng dưa mà sửa giầy.”
Khi nhà vua mở hội Vô già ở phía Tây đô thành, sai sứ mời quốc sư về làm án pháp. Trong đàn, bốn xung quanh đều phô trương lụa vàng, các ban phẩm vật, lục cúng, hương đăng bầy biện đầy đủ. Quốc sư biết mình đã bị cung nữ thử, bèn ngửa mặt lên trời thở than, rồi lên đàn 3 lần, xuống đàn 3 lần, tay trái cầm bình bạch ngọc, tay phải cầm cành dương liễu, thầm niệm rồi vẩy nước tẩy rửa trong, ngoài, trên, dưới đàn hội. Bỗng ở phương Tốn có một đám mây đen ùn ùn kéo đến. Rồi gió bay, bụi cuốn mù mịt. Một lúc, gió yên, phẩm vật trên ban đều bay đi hết, chỉ còn lại đèn nhang lục cúng. Các đạo tràng và du khách đông đến hơn vạn người đều thất kinh. Nhà vua thấy quốc sư hành pháp thông thấu trời đất, bèn tạ lỗi với quốc sư. Sau sự kiện này, nhà vua càng thêm tôn kính và gọi Quốc sư là Tự Pháp.
Năm 1330, lúc này nhà sư đã 77 tuổi, Ngài giao lại sơn môn Yên Tử cho quốc sư An Tâm về tu tại chùa Côn Sơn. Tại đây, nhà sư mở rộng tăng viện Kỳ Lân, lập cửu phẩm liên hoa, giảng các phẩm kinh để truyền cho bậc hậu học. Đặc biệt sư tổ Huyền Quang lập đàn Mông Sơn thí thực cầu quốc thái dân an, mưa thuận gió hoà, nhân khang vật thịnh… Đến nay nghi lễ và khoa cúng đàn Mông Sơn vẫn được bảo tồn, phát huy và sử dụng trong các kỳ lễ hội là nét văn hóa tâm linh tiêu biểu của lễ hội truyền thống Côn Sơn. Huyền Quang Tôn Giả có công lớn trong việc phát triển Thiền phái Trúc Lâm, đưa Côn Sơn thành tăng viện Kỳ Lân – một trong ba chốn tổ của Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử.
Ngày 23 tháng giêng năm 1334, Quốc sư viên tịch tại chùa Côn Sơn. Vua Trần Minh Tông ban cho 10 lượng vàng xây tháp sau chùa, đặt tên là Đăng Minh bảo tháp. Nhà vua còn cấp cho chùa 150 mẫu 5 sào ruộng ở các xứ làm tự điền để quanh năm thờ phụng và đặt tên thuỵ là: Trần triều Trúc Lâm thiền sư đệ tam tổ, sắc phong tam giáo trạng nguyên tự tổ Huyền Quang tôn giả tôn thần. (Tôn giả là đồ đệ bậc cao của Phật).
Kỷ niệm ngày mất của thiền sư Huyền Quang trở thành ngày hội truyền thống hàng năm của chùa Côn Sơn.